"Pardon me" とか "I beg your pardon?" は学校で習うので分かりますよね。でもう少し砕けた言い方だと、"What did you say?" とか "Sorry?" なんてのもあります。話相手によって使い分けたいです。親しい友人に "I beg your pardon?" だと、かたすぎるし、大切な会社の面接で "Whad did you say?" では、少し悪い印象を与えるかもしれません。
日常生活で、例えば Fast food restaurant の店員でもさえも使いそうなのが"Hah?" です。学校や会社の仲間内でも使います。日本で使う「はぁ？」のような嫌な印象はあまり与えないみたいです。でもこれは、実際に誰かが使っているのを聞いて、雰囲気を覚えてから使うといいかも。本当に、普通に使われています。ちなみに、America にいたときはそうでしたが、England や他の国だとどうかは、知りません。
America に住む前になるかな、英語に慣れていない頃、空港の売店で飲み物を頼んだ時に、店員に"Hah?" といわれた時には、思わず腹をたててしまいましたが。。。まだまだ未熟な頃でした。自分の英語に自信がないから、馬鹿にされたのかと思っていた。まぁ、失礼なのかもしれないけど、そういうもんですよ、Fast food restaurant だし。期待してはいけません（してもいいけど）。
私と同時期にCalifornia に赴任したSONY の同期の友人が、私がいたNew York に遊びに来たときのこと、もちろん彼とは日本語で話していたのですが、彼が私に"Hah?" を連発するので、さすがに不愉快になりました(LOL)。いや、英語なら許せるけど、日本語だとだめですね。不思議なもので。
また、他人に失礼なことを言われた時に、丁寧にかつ怒りをこめて"I beg your pardon?" なんていう言い方もありますね。慇懃無礼というか、腹立たしさを伝えるには効果的。映画などで、聞くことがあるかも。